為了使食品出產全過程不受微生物污染對于易變質的損害，要對原料、水、設備等進行處理，食品生產車間的環境是否潔凈也是重要的一個條件，此外部分食品要求潔凈無菌的凈化車間，諸如以下行業。

奶制品

酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經常用到無菌處理。一些大型設備要求100,000級（ISO 8級和9級）以上。

灌裝（酒類、飲料等）

啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級（100級）和ISO 6級（1,000級）潔凈室。

傳統系統中地道式巴氏消毒法對產品進行各種高溫處理，得到的產品在物理特性上發生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝選用較低熱處理，可在幾方面改進產品的質量。

在食品廠凈化車間內出產的食品，因為其具有較高的潔凈度能夠保證食品不被細菌附著，但不能消除食品本身帶來的細菌，因此還需要加熱、噴藥、照耀等方式滅菌。很多食品廠凈化車間首要用于滅菌后的冷卻、堵截（片）、包裝等工序。